Q: モバイルサイトとPCサイトでドメインが全く違う場合は、統一したほうがいいのでしょうか？

具体的な対処方法も教えていただけると幸いです。

例
モバイルサイト：http://aaaaa.info/
PCサイト：http://bbbbb.com/

Ａ：

統一するのが今では一般的になってきています。統一して、極力レスポンシブWebデザインのサイトを作ることがSEO成功の一般的な慣行になってきているのでそれを目指した方が得策です。

詳しくは
レスポンシブWebデザインでモバイルサイトを作るメリット【第３問（2）】
https://www.youtube.com/watch?v=f0KyPqXvUnc&t=2s
をご覧下さい。