Q: 検索結果から削除されていれば、手動によるペナルティーを受けたということですか？

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Ａ：

検索結果の何ページをみても御社のウェブページが見つからない場合は、通常おっしゃるように手動によるペナルティーを受けていることになります。

その場合は:

1、出てこなくなってしまったキーワードがサイト全体に過剰に書かれていないかを確認して、見つけたらそれらを減らして下さい。
どの程度まで減らすかというと、人がそのページを読んで不自然でないくらいまで減らすようにしてください。

2、1に該当しなかった場合は、リンク対策のやりすぎによるペナルティーの可能性が生じます。
その場合は、出てこなくなってしまったキーワードで他のドメインのサイトから大量にリンクが張られているかを確認してされている場合は、それらのリンクを削除する必要があります。