Q: Yahooなどのお気に入りボタンも、登録された方はSEO的に意味がありますか？

Ａ：

はい。登録されると意味があります。

１，ヤフーブックマークを使っているユーザーに登録してもらいやすくなり、その後の来訪を促すことになります。

２，他の人にも公開するモードの場合は、他の人にアクセスしてもらうきっかけになります。

今のSEO対策はトラフィック（アクセス）をいかに増やすかが鍵です。少しでも可能性のあるものは実施したほうが良いです。