Q: 手動ペナルティーと、もう１つの自動ペナルティー？はどういう場合に適応されるのでしょうか？

手動ペナルティーでひっかかれば、こうなる。という傾向があれば教えてください。

Ａ：

自動ペナルティーはGoogleがソフトウェアのみでサイトの問題点を発見して検索順位を落とすものです。

手動ペナルティーはGoogleのスタッフが肉眼でサイトの問題点を発見して検索順位を落とすものです。

通常、手動ペナルティーの場合は、サイト運営者に手動ペナルティーを与えた旨連絡をします。ただし、その連絡を受け取るためにはGoogleウェブマスターツールをそのサイトに対して導入する必要があります。

手動ペナルティーによるダメージは、通常自動ペナルティーよりも大きく深刻です。

手動ペナルティーを受けた時はGoogleウェブマスターツールに届いているメッセージを注意深く読んでそこに書かれている問題点を解決して、再審査リクエストをするようにしてください。合格したらペナルティーを解除した旨の通知が来ます。
私が以前Googleからもらったペナルティー解除の通知の様子が以下のキャプチャーです。

自動ペナルティーの際はGoogleからの連絡は一切来ないので自分で推測して問題を見つけて解決しなくてはなりません。

そういう時のためにこのニュースレターや週刊SEOビデオニュースなどを通じてペナルティーを受けないための対策を提案させていただいています。

最も多い自動ペナルティーはコンテンツの重複であるパンダアップデートペナルティーと、過剰最適化に対策する自動ペナルティーであるペンギンアップデートです。

これら２つの対策については週刊SEOビデオニュースの
https://http://www.ajsa-members.com/weekly_video/
WEEK 1からWEEK 11 までをご覧下さい。