Q: webサイトのフッターとヘッダーをjavascriptで共通化する行為はSEO上マイナスになりますか？

当社のwebサイトのフッターとヘッダーはjavascriptで共通化しております。
そのため単純にソースコードを見てもヘッダー部分とフッター部分のソースコードは表示されません。

Ａ：

はい。この場合SEO的にはマイナスです。
SEO的には物理的にソースコードを見てもヘッダー部分とフッター部分のソースコードが表示される必要が必ずあるからです。

SEO的にプラスになるように物理的にページのソースコード内にしっかりと表示された方が良いですのでそうしたものに改造することをおすすめします。