Q: サブディレクトリとして切り分けて作ったページはメインページ（ルートドメイン）に対してSEO評価の影響はでますでしょうか？

メインページと同じドメインのサブディレクトリでメインページと切り分けたページを作成しようとしています。

切り分けて作ったページは得意先顧客用のページを作成予定でサブディレクトリからメインページのリンクは予定ですが、メインページから得意先顧客用のサブディレクトリへは行けないようにする予定です。（完全に独立させる）

Ａ：

影響が出る場合と出ない場合があります。
サブディレクトリとして切り分けて作ったページのレイアウト、デザインがメインページ（ルートドメイン）のレイアウト、デザインと同じ場合は、サブディレクトリとして切り分けて作ったページでも、メインサイトの一部だとみなされるので影響が出ます。

一方、サブディレクトリとして切り分けて作ったページのレイアウト、デザインがメインページ（ルートドメイン）のレイアウト、デザインと異なる場合は別サイトのページだと判断されて影響はでません。

ですので、ページのレイアウト、デザインによってSEO評価の影響がでるか、出ないかが決定されます。