Q: WEBサイト全体のトラフィックとは、同じドメインのトラフィック(サブドメインは除く)という認識でよいのでしょうか？

Ａ：

これはGoogleは発表していないので推測になりますが、
Webサイト全体のトラフィックとはそのドメインの中にあるサブドメインやサブディレクトリ毎に切り分けられているはずです。

つまり
https://www.yahoo.co.jp/
の場合なら、
https://www.yahoo.co.jp/
で１つのサイトのトラフィック
https://auctions.yahoo.co.jp/
で１つのサイトのトラフィック
とカウントされているはずです。

ただし、サブドメインである
https://auctions.yahoo.co.jp/
のトラフィックが多いと
https://www.yahoo.co.jp/
にも一定の恩恵が与えられるはずです。