Q: 1つのWEBサイト＝同じドメインという認識で良いのでしょうか？

Ａ：

１つのドメインの中にWebサイトが複数存在することがあります。

例えば楽天市場にはたくさんのショップさんが出店しており、それぞれ

https://www.rakuten.ne.jp/gold/dentouhonpo/
https://www.rakuten.ne.jp/gold/carezza/

など様々なサイトが共存していることがよくあります。

１つのWebサイトが複数のドメインにあるということは通常ありません。
１つのドメインに１つか、複数のWebサイトが共存していることがあります。