Q: 質の良い団体などからリンクを１つもらうだけで、トップページやサブページにもいい効果は出ますか？

極端に言えば、これ１つだけリンクを獲得できただけでも、全く異なりますか？

Ａ：

はい効果がでます。これこそが最も自然なリンクの張られ方だからです。
何故なら、人が他人のサイトを自分のサイトからリンクを張る時には普通相手のサイトの１つのページにしかリンクを張らないからです。
むしろ、同じサイトに存在する複数のページにリンクを張ることは身内のサイトへのリンク、えこひいきのリンク、お金をもらってリンクを張る時などがほとんどです。

ですので、過剰なリンクの張られ方は避けて１つの企業・団体からリンクを張ってもらう時は自社サイトの１つのページだけにリンクを張ってもらうほうが良いです。

ただし、１つだけ例外があります。それは自社サイト同士でリンクを張る場合です。
例えば自社のメインサイトが１つと、専門サイトが１つ、合計２サイトを運営しているとします。その場合、それぞれのサイト同士で頻繁に複数のページにリンクを張ることはよくあることです。しかもGoogleは誰がどのドメインのサイトを持ってサイトを運営しているかをかなり正確に把握しています。
ですので身内同士のサイトが頻繁に複数のページから複数のページにリンクを張ってもそれは問題ありませんので気にしないで下さい。

むしろ問題は他人のサイトが自社サイトにリンクを張る時にはそうしたリンクを普通はしませんので自然な形でリンクを張ってもらうことを心がけて下さい。