Q: トップページに不要なノイズがなかったとしても、サブページにノイズが多ければ、トップページにも影響はあるのでしょうか？

個人的にはGoogleはサイト全体もチェックしているので、影響があるのではないかと思うのですが、いかがでしょうか？

Ａ：

極端にノイズが多くなければ大丈夫なはずです。何故ならノイズというのはあくまでも、そのページのテーマにそぐわないものです。
いずれにせよ、検索ユーザーが特定のページに来た時に、その瞬間関心の無いと思われるものは全てノイズですので、そのページからは削除して他のページに移動するなどして検索意図にマッチしたページ作りを目指して下さい。